Sứ mạng của Trường là: “Đào tạo nguồn nhân lực y tế uy tín, chất lượng; là trung tâm nghiên cứu khoa học, chuyển giao công nghệ; cung cấp dịch vụ chăm sóc sức khỏe và chú trọng phát triển y dược biển đảo Việt Nam”
       Mục tiêu tổng quát là:“Xây dựng và phát triển trường Đại học Y Dược Hải Phòng trở thành Trường đào tạo đa ngành về Y Dược đáp ứng nhu cầu nguồn nhân lực y tế chất lượng cao góp phần bảo vệ và chăm sóc sức khỏe nhân dân. Chú trọng nghiên cứu, phát triển và đào tạo các chuyên ngành Y học biển – đảo; xây dựng trường trở thành trung tâm khoa học Y – Dược học uy tín trong nước và quốc tế”
       Năm 1979, Trường đại học Y Hà Nội chính thức thành lập Cơ sở 2 tại Hải Phòng sau nhiều năm gửi sinh viên đến thực tập tại các Bệnh viện ở thành phố Hải Phòng. Năm 1985, Cơ sở 2 được phát triển thành Phân hiệu Đại học Y Hải Phòng trực thuộc Trường đại học Y Hà Nội. Năm 1999, Thủ tướng Chính phủ ký quyết định số 06/1999/QĐ-TTg thành lập Trường đại học Y Hải Phòng trên cơ sở Phân hiệu đại học Y Hải Phòng. Ngày 11 tháng 11 năm 2013, Trường đại học Y Hải Phòng được đổi tên thành Trường đại học Y Dược Hải Phòng theo quyết định số 2153/QĐ-TTg của Thủ tướng Chính phủ.
       Trường đại học Y Dược Hải Phòng hiện có 406 giảng viên cơ hữu gồm 02 Giáo sư; 26 Phó giáo sư; 16 Tiến sĩ; 205 Thạc sĩ; 05 bác sỹ chuyên khoa cấp I, II; 152 Đại học. Với gần 40 năm xây dựng và trưởng thành, Trường Đại học Y Dược Hải Phòng đã đào tạo được hơn 10000 bác sỹ, điều dưỡng, cử nhân đại học và sau đại học, được đánh giá cao tại các cơ sở y tế trên địa bàn cả nước. 

        CÁC ĐƠN VỊ PHỤC VỤ 
       Các Phòng, Ban được tổ chức theo qui định chung cho các Trường Đại học và Cao đẳng, thực hiện chức năng tham mưu, giúp Ban giám hiệu trong quản lý đào tạo, nghiên cứu khoa học, phục vụ và dịch vụ của Trường.
CÁC KHOA THEO NGÀNH HỌC 
       khoa học cơ bản 
      Các môn khoa học cơ bản cung cấp các kiến thức giáo dục đại cương cho sinh viên các ngành học của trường, đảm nhiệm việc giảng dạy kiến thức đại cương cho toàn bộ sinh viên các hệ đào tạo theo qui định của từng chương trình (Y, Dược, Điều dưỡng, Kỹ thuật y học…). Trong xu hướng phát triển và hội nhập, Khoa khoa học cơ bản sẽ phát triển mở rộng loại hình và nâng cao năng lực hợp tác và nghiên cứu đào tạo các ngành học liên quan.
      Y học cơ sở
      Đào tạo bác sỹ đa khoa là ngành học lớn nhất của Trường đại học Y Dược Hải Phòng, có lịch sử gần 40 năm gắn với sự phát triển của trường từ những ngày đầu thành lập. Đào tạo Y khoa có chất lượng cao cũng tạo nền tảng và đội ngũ cán bộ để phát triển các ngành học mới, như Y học dự phòng, Răng Hàm Mặt, Điều dưỡng, Y học cổ truyền, Kỹ thuật Y học và Dược học. Khối Y học cơ sở đảm nhiệm giảng dạy các học phần thuộc kiến thức cơ sở ngành và khối ngành cho sinh viên y và toàn bộ đối tượng sinh viên các ngành của Trường. Khối y học cơ sở là nền tảng thực hiện các nghiên cứu chuyên sâu và phát triển các ngành khoa học sức khỏe liên quan, như kỹ thuật y học, dược học…
       Lâm sàng
       Giảng viên các Bộ môn lâm sàng đều công tác tại các bệnh viện thực hành, nhiều người giữ các vị trí trưởng, phó các khoa lâm sàng, cùng với đội ngũ giảng viên kiêm nhiệm, giữ vai trò chính trong đào tạo sinh viên. Nhiều giảng viên lâm sàng là các giáo sư, tiến sỹ được bổ nhiệm, công nhận là những chuyên gia đầu ngành của ngành y tế thành phố Hải Phòng, góp phần trực tiếp nâng cao chất lượng khám chữa bệnh cho nhân dân Hải Phòng và các tỉnh lân cận.
      Hàng năm Trường tuyển sinh 450 sinh viên Y đa khoa chính qui (hệ 6 năm) và 200 sinh viên liên thông (hệ 4 năm). Sinh viên được học lý thuyết và thực tập tại Trường, và thực hành tại các bệnh viện (khoảng 5000 giường bệnh) và các cơ sở y tế ở khu vực Hải Phòng, Quảng Ninh, Hải Dương, nơi có các giảng viên cơ hữu của Trường cùng đội ngũ giảng viên kiêm nhiệm trực tiếp hướng dẫn.
      Trường cũng đã và đang đào tạo sau đại học các chuyên ngành bác sỹ Chuyên khoa I, Chuyên khoa II, Thạc sỹ và Bác sỹ Nội trú: Nội, Ngoại, Sản, Nhi và Tiến sỹ: Y tế công cộng, Nhi khoa, Ngoại tiêu hóa, Nội hô hấp gắn với các nghiên cứu khoa học mang tính thực tiễn và ứng dụng cao. Trong kế hoạch phát triển 5 năm tới, Trường sẽ phát triển đào tạo Tiến sỹ các chuyên ngành Nội, Ngoại, Sản phụ khoa.
      Hợp tác quốc tế về đào tạo, nghiên cứu khoa học là thế mạnh của lĩnh vực Y khoa. Trường hiện có hợp tác chính thức về y khoa với hơn 20 trường đại học, bệnh viện, các tổ chức nghiên cứu của các nước Châu Âu, Hoa Kỳ, Nhật Bản, Hàn Quốc về trao đổi sinh viên, nghiên cứu khoa học. Nhiều đề tài nghiên cứu khoa học có chất lượng tốt đã được thực hiện, trong đó có 4 đề tài cấp Nhà nước theo Nghị định thư hợp tác với Nhật Bản, Đài Loan, Hoa Kỳ.
      Khoa Răng Hàm Mặt (Faculty of Dentistry)
      Khoa Răng Hàm Mặt thành lập năm 2009 trên cơ sở Bộ môn Răng Hàm Mặt từ năm 1979.  Hiện nay, Khoa có trên 400 sinh viên chuyên khoa đang theo học, tuyển sinh mỗi năm 60 sinh viên hệ đào tạo chính quy (6 năm), khoa đã đào tạo bác sĩ chuyên khoa cấp I từ năm 2009, và đang triển khai mở mã ngành đào tạo thạc sĩ, bác sĩ chuyên khoa cấp II từ 2016.
      Khoa Răng Hàm Mặt tổ chức hội nghị khoa học và đào tạo liên tục thường niên, mỗi năm một lần với 400 – 500 người tham dự, hoạt động hợp tác quốc tế với các đối tác Nhật Bản (Đại học Okayama), Cộng hòa Pháp (Đại học Brest), Hàn Quốc (Đại học Seoul) đã và đang tạo cơ hội lớn trong việc nâng cao năng lực cho độ ngũ giảng viên. Một số giảng viên của khoa hiện đang được cấp học bổng học nghiên cứu sinh tại Nhật Bản, mỗi năm có 4-5 giảng viên và sinh viên được trao đổi học tập ngắn hạn tại Nhật.
      Khoa Y tế công cộng (Faculty of Public Health) 
     Khoa Y tế công cộng được thành lập năm 2009, Khoa có chức năng giảng dạy và nghiên cứu khoa học, đào tạo hệ Bác sỹ Y học dự phòng (60 học sinh/năm hệ 6 năm). Khoa Y tế công cộng là đơn vị tiên phong trong đào tạo sau đại học, bắt đầu từ chuyên khoa định hướng, Bác sỹ chuyên khoa cấp 1 và Thạc sỹ, Tiến sỹ Y tế công cộng, bác sỹ chuyên khoa 2 Quản lý y tế. Khoa có thế mạnh trong các hoạt động hợp tác quốc tế với nhiều trường đại học trên thế giới, nhất là Khối Pháp ngữ. Trong những năm gần đây, Khoa Y tế công cộng đang mở rộng hợp tác nghiên cứu với các đối tác quốc tế, như các Trường đại học của Canada, Hoa Kỳ, Pháp, Đài Loan.
      Khoa Điều dưỡng (Faculty of Nursing)
     Khoa Điều Dưỡng tiền thân là Tổ bộ môn Điều Dưỡng, giảng dạy cho sinh viên y khoa. Năm 2005, trường mở ngành đào tạo Điều dưỡng đại học. Năm 2009, khoa Điều Dưỡng được thành lập 
     Khoa đã có hợp tác đào tạo, nghiên cứu khoa học với nhiều trường Điều Dưỡng trên thế giới, giảng viên của khoa đã được đi học tập, đào tạo ở: Úc, Thụy Điển, Nhật Bản, Thái Lan, Đài Loan. Năm 2012, đã kí kết đào tạo, trao đổi giảng viên, sinh viên với khoa Điều Dưỡng thuộc Đại học Kistantad, Thụy Điển. Tại Đại học Breist và đến năm 2016 khoa tiếp nhận đào tạo sinh viên trường Agen của Pháp. Năm 2014, Khoa đã tổ chức Hội nghị điều dưỡng quốc tế với các chuyên gia đến từ trong và ngoài nước góp phần thúc đẩy hoạt động đào tạo và nghiên cứu khoa học điều dưỡng. Hợp tác Quốc tế tạo cơ hội cho giảng viên, sinh viên Điều Dưỡng, góp phần nâng cao cả về trình độ chuyên môn và ngoại ngữ và mở ra cơ hội giao lưu học hỏi, hợp tác, chuyển giao công nghệ từ các nước tiên tiến đến khoa và trường Đại học Y Dược Hải Phòng.
     Trong thời gian tới, khoa sẽ tăng cường giảng dạy dựa trên năng lực để đào tạo nguồn điều dưỡng viên hội nhập với các nước trong khu vực thông qua việc tăng cường chất lượng đội ngũ giảng viên, và hợp tác trong và ngoài nước.
     Khoa Kỹ thuật Y học (Faculty of Medical Technology)
     Ngày 28/6/2012 Khoa Kỹ thuật y học được thành lập trên cơ sở Bộ môn Kỹ thuật Y học (thành lập năm 2009), nhiệm vụ của Khoa là đào tạo cán bộ y tế có trình độ đại học (60 sinh viên mỗi năm, hệ 4 năm) và sau đại học trong lĩnh vực Kỹ thuật Xét nghiệm. Từ năm học 2015 – 2016, đào tạo liên thông từ trung cấp và cao đẳng xét nghiệm đạt trình độ đại học, đào tạo chuyên khoa I xét nghiệm (năm học 2016 – 2017) và Thạc sỹ chuyên ngành xét nghiệm (năm học 2017 – 2018).
     Đội ngũ cán bộ khoa học của khoa có năng lực chuyên môn tốt, có kinh nghiệm triển khai những đề tài nghiên cứu khoa học về nhiều lĩnh vực, thường xuyên được cập nhật kiến thức, kỹ thuật mới qua các khóa đào tạo ngắn hạn trong và ngoài nước. Các phòng xét nghiệm của Khoa vừa là cơ sở giảng dạy thực hành cho sinh viên, vừa triển khai nghiên cứu khoa học và phát triển các xét nghiệm kỹ thuật cao phục vụ chẩn đoán bệnh. Khoa KTYH đã phối hợp với Khoa Y triển khai thành công 2 đề tài hợp tác quốc tế với trường ĐH Kanazawa- Nhật Bản và đang tiến hành một đề tài hợp tác với trung tâm USC, đại học Nam California, Mỹ.
     Định hướng phát triển, khoa KTYH tập trung mở rộng các kỹ thuật thuộc các chuyên ngành Hóa sinh, Vi sinh, Ký sinh trùng và Giải phẫu bệnh; Phát triển và ứng dụng các kỹ thuật sinh học phân tử; kỹ thuật chẩn đoán sớm các bệnh ung thư; lĩnh vực tế bào gốc, nghiên cứu gen-protein; chẩn đoán bệnh trước, trong và sau sinh; đào tạo chuyên ngành Xét nghiệm ở trình độ sau đại học, tư vấn về kỹ thuật xét nghiệm cho các cơ sở  y tế khu vực Duyên hải  Bắc Bộ; tăng cường hợp tác nghiên cứu khoa học.
     Khoa Y học cổ truyền (Faculty of Traditional Medicine)
     Được thành lập 2015, khoa có nhiệm vụ đào tạo Bác sỹ Y học cổ truyền (6 năm), nghiên cứu và dịch vụ về lĩnh vực y học cổ truyền. Năm học 2015 – 2016 Trường bắt đầu tuyển sinh đào tạo bác sỹ Y học cổ truyền, mỗi năm tuyển sinh 60 sinh viên. Trường cũng đã đào tạo sau đại học Bác sỹ Chuyên khoa I Y học cổ truyền, Bác sỹ định hướng Y học cổ truyền nhiều khóa tốt nghiệp ra trường đáp ứng nhu cầu cho các đơn vị hoạt động trong lĩnh vực Y học cổ truyền. Phối hợp với Khoa dược học để phát triển chuyên ngành dược liệu biển của Trường là một trong những nội dung mới đang được chú trọng.
     Khoa YHCT đã có những bước đầu phát triển trong quan hệ với nước ngoài về lĩnh vực học tập trao đổi kinh nghiệm, học tập nâng cao trình độ chuyên môn, ký kết hợp tác, đặc biệt đó là các trường Trung Y Dược Quảng Châu, Trung Y dược Nam Ninh Trung Quốc. Trong thời gian tới, Khoa Y học cổ truyền có kế hoạch tăng cường các cơ hội cho giảng viên học hỏi và nghiên cứu hợp tác trong và ngoài nước, nhất là Trung Quốc, Đài Loan, và đẩy mạnh việc nâng cao năng lực tiếng Trung cho giảng viên và sinh viên.
     Khoa Dược học (Faculty of Pharmacy)
     Khoa Dược học thành lập năm 2011, bên cạnh chỉ tiêu tuyển sinh 100 sinh viên chính qui mỗi năm (dược sỹ đại học, 5 năm), khoa cũng đào tạo hệ liên thông từ dược sỹ trung học và cao đẳng lên đại học.
      Khoa dược học có hợp tác với các Trường đại học Dược của Hoa Kỳ (Đại học Iowa, Đại học Samford), Hàn Quốc (Đại học Phụ nữ Sookmyung), Nhật Bản (Đại học Okayama), Đài Loan (Đại học Y Đài Bắc), Thái Lan (Đại học Chulalongkorn, Đại học Khon Kaen, Đại học Mahasarakham). Khoa đã tổ chức thành công Hội nghị Dược lâm sàng Châu Á (ACCP) lần thứ 13 vào tháng 9 năm 2013 tại Hải Phòng, và Diễn đàn Hiệu trưởng các Trường đại học dược Châu Á (AASP) lần thứ 4 từ 24-26 tháng 6 năm 2016 tại Trường. Hàng năm, nhiều chuyên gia quốc tế đến giảng dạy và trao đổi nghiên cứu, và nhiều giảng viên đã và đang học tập tại Hoa Kỳ, Nhật Bản, Hàn Quốc, Trung Quốc, Đài Loan, Úc.
      Cùng với các Labo thực tập tại Trường, Khoa đang xây dựng các Nhà thuốc thực hành, các Đơn vị Dược lâm sàng tại Bệnh viện Việt Tiệp, Bệnh viện Đại học Y, Bệnh viện Trẻ em Hải Phòng. Với lợi thế gần gũi với các chuyên ngành y của Trường, các bệnh viện thực hành và được sự ủng hộ quốc tế rộng rãi, Khoa dược học đang đi tiên phong trong phát triển đào tạo định hướng Dược lâm sàng, và Nghiên cứu phát triển thuốc từ nguồn Dược liệu biển Việt Nam. Trong kế hoạch phát triển đến năm 2020, Khoa dược học sẽ đổi mới toàn diện chương trình đào tạo dược sỹ đại học và sau đại học theo hướng hội nhập quốc tế.
      Khoa Y học biển (Faculty of Maritime Medicine)
     Khoa Y học biển được thành lập năm 2015 phát triển từ Bộ môn Y học biển, là Khoa Y học biển đầu tiên được thành lập ở Việt Nam. Chuyên ngành Y học biển đã xác định hướng phát triển trong một số lĩnh vực: Y học dưới nước và Y học cao áp lâm sàng, Y học dự phòng biển, Y học lâm sàng biển, Cấp cứu và phòng chống thảm họa biển, Tâm sinh lý lao động biển và Ergonomie. Khoa Y học biển hiện có cơ sở giảng dạy và nghiên cứu tại Viện Y học biển (Bộ Y tế), đảm nhiệm giảng dạy môn Y học biển cho sinh viên y khoa, và đã thực hiện đào tạo chuyên ngành Thạc sỹ Y học biển, và là cơ sở đào tạo đầu ngành về Y học biển cho cả nước.
      CÁC CƠ SỞ THỰC HÀNH 
        Bệnh viện Đại học Y Hải Phòng
       Để góp phần nâng cao chất lượng giảng dạy và nghiên cứu khoa học, phục vụ và chăm sóc sức khỏe nhân dân, ngày 4 tháng 4 nă m2007, Bộ Y tế đã quyết định thành lập Bệnh viện thuộc trường Đại học Y Hải Phòng. Bệnh viện Đại học Y Hải Phòng đã trở thành một cơ sở khám, chữa bệnh có uy tín với 200 giường bệnh được trang bị nhiều kỹ thuật hiện đại, góp phần nâng cao chất lượng đào tạo, nghiên cứu khoa học của giảng viên và sinh viên, là nơi nghiên cứu của các đề tài cấp Nhà nước, đề tài cấp Thành phố và cơ sở.
      Năm 2016, Bệnh viện Đại học Y Hải Phòng đã được Bộ Y tế công nhận là bệnh viện hạng 2 tuyến Trung ương, với tiềm năng phát triển nhanh chóng, trở thành cơ sở nghiên cứu, phục vụ và từng bước tham gia đào tạo và chuyển giao kỹ thuật cao trong chăm sóc sức khỏe người dân Hải Phòng và khu vực
       Các bệnh viện thực hành ở Hải Phòng và các tỉnh lân cận
      Bệnh viện Hữu nghị Việt Tiệp, bệnh viện hạng 1 có chuyên môn hàng đầu của khu vực duyên hải Bắc Bộ, với hơn 1000 giường bệnh là cơ sở thực hành chính của Trường. Hàng trăm giảng viên cơ hữu cùng các giảng viên kiêm chức thuộc bệnh viện đang giữ vai trò chủ chốt trong các khoa lâm sàng, vừa thực hiện nhiệm vụ khám chữa bệnh, nghiên cứu và giảng dạy cho sinh viên.
Bệnh viện đa khoa Kiến An (400 giường bệnh), Bệnh viện trẻ em (600 giường), Bệnh viện Phụ Sản (600 giường), Bệnh viện Lao và Bệnh phổi, Bệnh viện Y học cổ truyền, Bệnh viện Tâm thần là những bệnh viện thực hành chính của Trường đại học Y Dược Hải Phòng từ khi mới thành lập. Bệnh viện Việt Nam Thuỵ Điển (Uông Bí, 1000 giường bệnh), Bệnh viện đa khoa tỉnh của Hải Dương, Quảnh Ninh là những cơ sở y tế lớn, đã được lựa chọn là nơi thực hành của sinh viên các ngành đào tạo của Trường.
     Các Trung tâm Y tế tỉnh, huyện, Bệnh viện các tuyến, Nhà thuốc, Công ty dược tại Hải Phòng, Hải Dương, Quảng Ninh được lựa chọn và xây dựng, có đội ngũ giảng viên thực địa được đào tạo, trở thành nơi học, thực hành cho sinh viên các ngành đào tạo của Trường.